1937年全面抗战爆发后，国民政府为统筹战时军事指挥，于南京组建大本营，其核心作战指挥机构由原参谋本部扩编而成，即大本营第一部。该部下设三个职能厅，其中第二厅专门承担军事情报的搜集与分析工作，为前线作战决策提供信息支撑，第三厅则负责人事管理及陆军大学教育等辅助事务。
不过，受限于战前国防建设滞后、战略判断偏差及部队战力参差不齐等因素，抗战初期国民政府军事局势急转直下，1937年8月至11月的淞沪会战中，大本营第一部虽竭力统筹作战，但因情报传递滞后、日军海空优势明显，最终未能守住上海，这场会战也成为导致国民政府西迁的关键节点之一；同年12月的南京保卫战期间，大本营第二厅虽尝试搜集日军围攻部署情报，但因谍报网络尚未完善，情报传递不及时，未能为守军防御部署提供有效支撑，最终南京沦陷。短短半年内，北平、天津、上海、南京等重要都市相继失守，华北及沿海广大地区沦陷，国民政府被迫开启西迁之路，军事指挥中枢也随之转移。
1938年，国民政府迁都武汉后，为扭转战时指挥混乱的局面，着手构建规范化的战时军事体制，将原大本营改组为军事委员会，下设军政、军令、军训、政治、后勤等多个职能部门，形成了统一的战时军事指挥体系。
其中，军令部作为对日作战的最高指挥机构，由原大本营第一部改组而来，仍维持三厅建制，职能分工略有调整：第一厅专注于作战指挥与计划部署，第二厅聚焦于战略情报的搜集、研判与传递，第三厅则统筹总务、人事、会计及陆大教育等后勤保障类事务。在这一体系中，军令部第二厅凭借其战略情报中枢的核心地位，成为整个抗战期间国民政府级别最高的军事情报机构。与侧重参谋职能的第一厅、侧重后勤的第三厅不同，
第二厅兼具幕僚与执行双重属性，既要为军令部部长提供情报参谋建议，又要直接开展国内外情报的搜集工作，这种特殊的职能定位，使其与戴笠领导的军统局形成了深度交织的关系。而1938年6月至10月的武汉会战，作为军令部第二厅成立后参与的首次大规模会战，该厅首次全面发挥战略情报中枢作用，整合各方面情报，为国民政府军队构建防御体系、开展阵地战提供支撑，虽最终武汉失守，但有效消耗了日军有生力量，也让第二厅的情报工作能力得到了初步检验。
军令部第二厅成立之初，由徐培根出任首任厅长，厅本部下设四个职能处，构建起初步的情报工作体系。
第一处处长吴石，便是后来为国家和民族解放事业牺牲的中共隐蔽站西革命烈士，该处以日本情报为核心工作方向，专门搜集日军兵力部署、作战计划、装备情况等关键情报，是对抗日军的核心情报力量。1938年1月至5月徐州会战期间，吴石带领第一处，通过渗透日军后方的谍报人员，截获日军第5师团、第10师团的兵力调配情报，为李宗仁部部署台儿庄大捷提供了关键情报支持；同年武汉会战期间，第一处再次发力，通过前线谍报人员渗透、截获日军通讯等方式，搜集到日军华中方面军的兵力调配计划，为国民政府军队部署防御、开展反击提供了重要情报支撑，一定程度上延缓了日军推进的步伐；1944年豫湘桂战役期间，第一处重点搜集日军“一号作战”计划的兵力部署、进攻路线情报，及时传递给前线部队，虽未能阻止日军推进，但为部队突围、转移争取了时间。
吴石烈士
第二处处长郗永绥（又名郗恩绥），主要负责国际情报工作，重点跟踪各国对华政策、国际反法西斯局势及盟军动态，为中国争取国际援助、开展军事合作提供情报支撑。1937年至1941年苏联援华航空志愿队来华作战期间，第二处通过驻苏武官处，搜集苏联援华航空志愿队的战机调配、飞行员部署情报，协调中苏空军协同作战，助力武汉会战、重庆防空战中打击日军空袭机群；1939年苏联加大对华军事援助期间，第二处再次通过驻苏武官处，搜集苏联援华武器装备的运输路线、批次等情报，保障了援华物资顺利抵达前线；1941年底太平洋战争爆发前，第二处通过国际渠道搜集到日军南进计划的相关情报，及时传递给国民政府，为中国调整战略、加强与盟军协同提供了重要参考，也为后续中国军队配合太平洋战场作战奠定了情报基础。
第三处的组建源于战时情报工作的迫切需求。1938年国民政府迁都武汉后，仓促组建军令部第二厅以统筹全国军事情报工作，厅本部下设四个处，其中第三处专门执掌国内情报事务，与负责日本情报的第一处、国际情报的第二处、情报电讯的第四处形成分工协作的情报体系。但由于第二厅成立仓促，既无成熟的谍报网络，也缺乏专业的情报人员，第三处初期仅有空缺的编制框架，无法开展实质性工作，成为当时第二厅的“短板”处室。
在此背景下，戴笠领导的军统局成为第二厅依托的重要力量，而第三处也成为军统渗透第二厅的核心突破口。戴笠借机向蒋介石推荐军统核心骨干郑介民出任第三处处长，蒋介石欣然应允，这一任命既解决了第三处无人主事的困境，也契合了蒋介石制衡派系、强化情报管控的需求。按照军令部规定，参谋及以上职务人员必须具备军籍，郑介民出身黄埔军校二期，本身拥有军籍，得以顺利任职，而他同时兼任军统局主任秘书，这种双重身份也奠定了第三处与军统局的深度关联基础，此后第三处的核心骨干及基层谍报人员，大多由军统特工担任，始终处于军统的实际控制之下。
郑介民出任第三处处长后，首要任务是搭建第三处的组织架构与谍报网络，填补初期的工作空白。他一方面依托军统局在全国各地已有的谍报组，快速实现情报搜集的初步覆盖，另一方面专门设立“谍报参谋人员训练班”，系统培养专业谍报人才，逐步建立起属于第二厅第三处自身的谍报组和情报站点，摆脱了对军统网络的完全依赖，形成了“军统支撑+自身发展”的双重情报体系。同时，第三处内部逐步完善分工，下设相关科室，重点负责沦陷区日军据点分布、伪军兵力部署、日军后方补给线动态等国内对日相关情报的搜集与整理，为正面战场作战提供直接支撑，其工作范围覆盖华北、华中、华南等主要沦陷区域及前线周边地区。
郑介民
抗战期间，第三处始终聚焦国内对日情报搜集核心职能，在多场关键战役中发挥了重要作用。1938年武汉会战期间，第三处联合第四处（情报电讯），通过敌后谍报人员渗透、截获伪军及日军基层通讯等方式，搜集日军华中方面军的后方补给情报、兵力调动细节，为第二厅整合整体情报、支撑前线部队防御部署提供了重要补充；1941年第三次长沙会战期间，第三处重点搜集长沙周边日军据点及伪军动向情报，配合第一处的日军主力情报，为薛岳部制定“天炉战法”、开展敌后袭扰提供了情报支撑，助力会战取得胜利；1944年豫湘桂战役期间，第三处全力搜集日军“一号作战”计划中国内战场的兵力部署、进攻路线及后方据点情报，及时传递给前线部队，为部队突围、转移及敌后袭扰提供了关键参考。
在组织发展与人事变动方面，第三处始终与第二厅的整体发展同频。1939年初徐培根辞去第二厅厅长职务后，杨宣诚接任，其任职期间秉持中立原则，协调第三处（军统系）与第一、二处（非军统系）的矛盾，不偏袒任何一方，确保第三处的情报工作有序开展，无论第三处搜集到何种有价值的情报，均及时上报蒋介石请奖，既调动了第三处工作人员的积极性，也维持了厅内的派系平衡。1943年，郑介民接替杨宣诚担任第二厅厅长，仍对第三处保持直接管控，此时第三处的谍报网络已趋于完善，外勤组织覆盖全国主要沦陷区及关键区域，情报搜集能力大幅提升，同时郑介民沿用杨宣诚的平衡策略，避免第三处的军统势力过度扩张，确保其始终服务于战时情报工作核心需求。
1944年，随着边疆局势的发展，第二厅增设第五处，专门负责边疆地区情报工作，第三处的工作范围有所调整，将原有的边疆情报搜集职能移交第五处，集中精力聚焦沦陷区及前线周边的对日情报搜集，进一步优化工作重点，提升情报搜集的精准度与效率。这一时期，第三处还配合第二厅主导的中苏情报合作，提供部分国内日军地面部队的基础情报，为中苏特种情报所的工作提供了支撑。
郑介民在执掌第三处及后续担任第二厅厅长期间，还注重情报理论的总结与人才培养，结合第三处的工作实践，撰写了《军事情报学》《谍报勤务教案草案》等著作，将第三处的谍报工作经验系统化、理论化，为近代中国军事情报体系的发展积累了经验，其本人也被誉为文武双全的军事谋略家和军事理论家，获得国民政府通报表扬及积学勋章。此外，郑介民还借助第三处的情报资源，参与多项军事外交活动，1941年至1942年率领中国军事代表团驻英属新加坡，1944年前往印度新德里协商中英军事情报合作，将第三处搜集的部分日军情报与盟军共享，为国际反法西斯合作提供了支撑。
1945年8月日本宣布无条件投降后，抗战取得最终胜利，第三处的工作重心转向沦陷区情报整理、日军投降相关情报搜集及谍报人员安置等工作，配合军令部留渝办事处处理相关遗留事务。
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第四处处长魏大铭，作为近代中国知名电讯专家，主要执掌情报电讯事务，负责情报的传递、加密、侦测及电讯设备的统筹管理，是第二厅情报工作得以顺畅运转的技术核心。1938年武汉会战期间，魏大铭带领第四处搭建临时电讯枢纽，优化情报传递流程，将第一处、第三处搜集到的日军情报快速加密传递给前线作战部队，解决了此前情报传递滞后的难题，为前线部队及时调整防御部署提供了技术保障；1939年至1943年重庆大轰炸期间，第四处承担起日军空袭机群的电讯侦测任务，通过截获日军空袭机群的通讯信号，研判机群规模、飞行航线及轰炸目标，及时向重庆防空司令部传递预警信息，为民众疏散、防空部队部署防空火力争取了时间，一定程度上减少了轰炸造成的人员和物资损失。
魏大铭
除了厅本部四个处的分工协作，第二厅的发展始终与军统局保持着深度关联。由于第二厅成立之初仓促组建，既无足够的专业电讯设备，也缺乏成熟的谍报网络，只能借助戴笠领导的军统局的力量支撑局面。戴笠也借此机会，将大批军统特工安插至第二厅各部门，尤其在第三处、第四处中，军统人员占据了重要岗位，郑介民、魏大铭的任职便是典型体现。按照当时军令部的规定，参谋及以上职务人员必须具备军籍，郑介民出身黄埔军校二期，本身拥有军籍，任职并无阻碍；而魏大铭当时仍为文官，无军籍，蒋介石亲自批示其入伍并授予少将军衔，使其得以顺利担任第四处处长，这一安排也凸显了蒋介石对情报电讯工作的重视，以及对军统势力的适度扶持与制衡。
军令部第二厅的首任厅长徐培根，任职时间从1938年4月厅成立至1939年初。徐培根抗战前曾担任航空署署长，虽有一定军事履历，但对情报工作并不熟悉，且没有自己的核心工作班底，将军统人员引入第二厅后，逐渐被架空，工作中处处受制于军统势力，难以自主开展情报统筹工作，最终不愿充当傀儡厅长，主动请辞。
徐培根结婚照
徐培根离职后，杨宣诚接任第二厅厅长，任职长达四年（1939年至1943年），正是中国全面抗战最艰难的时期。杨宣诚是民国历史上公认的“对日情报第一人”（《人间正道是沧桑》电视剧，杨立仁在抗战期间重庆场景，很大一部分就是取自其原型）无任何派系背景，既非军统成员，也不隶属于武官系统，其任职期间，始终秉持中立原则，协调厅内各派系关系，尤其在第三处（军统系）与第一、二处（非军统系）的矛盾中，不偏袒任何一方，无论哪一派系搜集到有价值的情报，均及时上报蒋介石请奖，既维持了厅内的稳定运作，也推动了情报工作的有序开展。
1941年12月至1942年1月的第三次长沙会战期间，杨宣诚统筹第二厅各部门，整合第一处搜集的日军兵力部署情报、第四处截获的日军通讯情报，为薛岳部制定“天炉战法”提供了关键支撑，助力中国军队取得第三次长沙会战的胜利，这也是第二厅情报工作成效最显著的战役之一。
杨宣城
1943年，郑介民接替杨宣诚担任第二厅厅长，成为首位出身军统系统的第二厅厅长。郑介民身为军统核心人物，同时兼任军统局主任秘书，凭借第三处、第四处的军统班底，能够自如指挥国内情报与情报电讯工作，同时他也注重协调各处处室关系，沿用杨宣诚的平衡策略，避免厅内派系矛盾激化。任职期间，郑介民还积极参与军事外交活动，1944年前往印度新德里，与英印军总部情报厅协商中英军事情报合作事宜，协调双方共享日军在东南亚的兵力部署情报，为盟军在东南亚战场的作战提供了一定支撑；1944年豫湘桂战役期间，郑介民统筹第二厅，重点搜集日军“一号作战”计划的相关情报，及时传递给前线部队，为部队突围转移提供了情报参考。
随着抗战局势的发展，军令部第二厅的组织规模也逐步扩大。成立初期，第三处、第四处的外勤组织几乎空白，郑介民、魏大铭任职后，第三处设立“谍报参谋人员训练班”，培养专业谍报人才，同时借助军统局在各地已有的谍报网络，逐步建立起第二厅自己的谍报组和电台；第四处则先后建立通讯总台、侦察总台、电讯人员训练班及技术室等机构，完善电讯保障体系，提升情报传递和侦测能力。1944年，为适应边疆局势发展的需要，第二厅增设第五处，重点搜集新疆地区的相关情报，尤其关注当时新疆地方势力的动向，为国民政府中央势力进入新疆、统筹边疆事务提供情报支撑。
抗战期间，第二厅还主导了中苏情报合作相关工作。1939年，在1938年汉口秘密成立的“中苏技术所”基础上，国民政府与苏联在重庆公开设立“军事委员会中苏特种情报所”和“军事委员会中苏特种情报电台”，这两个机构名义上直属于军事委员会，实际上由第二厅控制，主要工作人员均由第二厅人员兼任或调任。
中苏特种情报所先后由徐培根、杨宣诚兼任所长，重点负责训练谍报人员、组建谍报组织，搜集日军地面部队的军事情报，1940年日军试图切断滇缅公路期间，该所搜集到日军在东南亚的兵力部署情报，传递给盟军，为保卫滇缅公路、保障援华物资运输提供了一定支撑；中苏特种情报电台设在重庆南岸汪山放牛坪，由苏联人伊凡诺夫任台长、第二厅第四处科长肖坚白任副台长，主要负责搜集日军电讯情报，1940年前后，该电台通过电讯侦测技术，截获日军华北、华中方面军的通讯情报，为第二厅的情报研判提供了重要技术支撑，尤其在日军空袭重庆期间，该电台截获的日军机群通讯信号，为重庆防空预警提供了助力。不过，由于当时中苏双方的相互防备，该电台搜集到的情报未能得到充分利用，部分情报的真实性也难以考证。
1945年8月，日本宣布无条件投降，抗战取得最终胜利，国民政府开始筹备还都南京事宜，专门在重庆成立军令部留渝办事处，处理第二厅及其他相关部门的遗留事务，衔接情报资料的整理与移交工作。
1946年6月，国民政府进行军事体制改革，撤销军事委员会及其所属的军令部等部门，在行政院内设立国防部，由何应钦担任部长，原军令部的各项职能由国防部下属相关部门承接，军令部第二厅作为抗战时期国民政府最高军事情报机构的历史，正式宣告结束。
纵观抗战期间，军令部第二厅作为国民政府的战略情报中枢，虽受限于派系博弈、技术水平等因素，存在诸多不足，但在搜集日军情报、协调国际情报合作、支撑前线作战等方面发挥了重要作用，其下属各部门通过不同分工，以民族大义论，该厅的历史总体上也是为中国抗战的最终胜利提供了宝贵的情报支撑，也为近代中国军事情报体系的发展积累了一定经验。
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